弥陀寺始建于唐代，是蓬莱阁景区内的佛教寺庙。该寺原胜极一时，因禁佛运动，虽没有遭到拆除之灾，也一度僧尼还俗，门庭冷落。明万历十一年（1583年），佛教名僧憨山德清（明末四大禅僧之一）来鲁传教，在山东地区的佛教界影响很深，他的弟子遍布各地。这时，蓬莱阁内的弥陀寺香火复盛，渐渐扩建成今天的规模。